Las cartas de Yu-Gi-Oh se clasifican principalmente en cuatro grandes ramas, cada una con sus propias subcategorías. Estas cuatro ramas principales son Monstruos, Magia, Trampa y Especial.
Monstruos: Esta es la más grande de las ramas de las cartas de Yu-Gi-Oh, comprendiendo el 75% de todas las cartas existentes. Estas cartas incluyen monstruos normales, monstruos de ritual, monstruos de fusión, monstruos de Synchro, monstruos Xyz, monstruos pendulares y monstruos de link. Los monstruos normales son los monstruos básicos que se pueden invocar directamente a través de una carta de monstruo y no requieren ninguna otra carta para ser invocados. Los monstruos de ritual son monstruos especiales que requieren tener una carta de ritual específica para ser invocados. Los monstruos de fusión son monstruos especiales que requieren «fusionar» dos o más monstruos para ser invocados. Los monstruos Synchro son monstruos especiales que requieren «sincronizar» un monstruo normal con uno o más monstruos especiales para ser invocados. Los monstruos Xyz son monstruos especiales que requieren «Xyz material» para ser invocados. Los monstruos pendulares son monstruos especiales que requieren «pendulum summon» para ser invocados. Por último, los monstruos de Link son monstruos especiales que requieren «Link Summon» para ser invocados.
Magia: Esta es la segunda rama de cartas de Yu-Gi-Oh, comprendiendo el 20% de todas las cartas existentes. Estas cartas incluyen cartas de magia normales, cartas de magia de campo, cartas de magia continua, cartas de magia rápida y cartas de magia de equipo. Las cartas de magia normales son cartas similares a las cartas de monstruo, pero en lugar de invocar un monstruo, invocan un efecto específico dependiendo de la carta. Las cartas de magia de campo son cartas que invocan un efecto que permanece activo hasta que se remueva o se destruya. Las cartas de magia continua son cartas que invocan un efecto que permanece activo hasta que el jugador decida cancelarlo. Las cartas de magia rápida son cartas que invocan un efecto instantáneo que se activa y se desactiva al mismo tiempo. Por último, las cartas de magia de equipo son cartas que se pueden equipar a un monstruo para darle habilidades especiales.
Trampa: Esta es la tercera rama de cartas de Yu-Gi-Oh, comprendiendo el 4% de todas las cartas existentes. Estas cartas incluyen cartas de trampa comunes, cartas de trampa especiales, cartas de trampa continua y cartas de trampa rápida. Las cartas de trampa comunes son cartas similares a las cartas de magia, pero en lugar de invocar un efecto, invocan una trampa que bloquea o detiene los efectos de otros jugadores. Las cartas de trampa especiales son cartas similares a las cartas de trampa comunes, pero invocan una trampa especial que tiene un efecto único. Las cartas de trampa continua son cartas que invocan una trampa que permanece activa hasta que el jugador decida cancelarla. Las cartas de trampa rápida son cartas que invocan una trampa que se activa y se desactiva al mismo tiempo.
Especial: Esta es la cuarta y última rama de cartas de Yu-Gi-Oh, comprendiendo el 1% de todas las cartas existentes. Estas cartas incluyen cartas especiales como cartas de fin de juego, cartas de premio, cartas de exilio y cartas de duelista. Las cartas de fin de juego son cartas que se pueden usar para finalizar el duelo. Las cartas de premio son cartas que se entregan al ganador del duelo. Las cartas de exilio son cartas que se pueden usar para exiliar a un monstruo o una carta del campo.